O Conselho Deliberativo é o órgão dentro da instituição com papel de administração e fiscalização.

No HCFAMEMA, é composto por sete membros titulares e seus respectivos suplentes, de acordo com a Legislação DEC nº 63.531 de 28/06/2018, artigo 6º. (link http://perfil.sp.gov.br/site/legislacaoi.asp?atoid=22793).
Suas funções incluem elaborar o estatuto do hospital; a lista tríplice para nomeação de Superintendente; o Regimento Interno da instituição; deliberar sobre legados, doações, alienação de bens móveis ou imóveis, as contas e assuntos de interesse do HCFAMEMA. Além disso, fixam o programa de atividades do hospital, aprovam convênios, classificação de funções e salários, aceitação de doações e indicam auditorias para apreciação das contas do hospital.
Todas as funções são de acordo com a Legislação DEC nº 63.531 de 28/06/2018, artigo 10º (link http://perfil.sp.gov.br/site/legislacaoi.asp?atoid=22793)