A história do HCFAMEMA começou em 1957, da aspiração de autoridades locais em construir um hospital com capacidade para atender a população de Marília e região.
Em 1966, foi criada a Famema – Faculdade de Medicina de Marília, que utilizou o recém construído Hospital das Clínicas para atendimento aos pacientes e também como cenário de prática de seus alunos.
Para dar apoio a essa Faculdade, no final de 1966, criou-se a Fundação Municipal de Ensino Superior – FUMES. Fundação esta que passou a contratar os funcionários para trabalhar na Instituição.
Em 1994, a Famema tornou-se uma Autarquia Estadual pertencente à, até então designada, Secretaria de Desenvolvimento Econômico, Ciência, Tecnologia e Inovação.
No ano de 2007, a FUMES não conseguiu suprir as necessidades de contratação da Famema, sendo necessária a criação de uma nova Fundação de Apoio à Faculdade de Medicina de Marília (FAMAR).
Ao longo dos anos e sem a efetivação do quadro de pessoal da Famema, surge a necessidade de reorganizar “Ensino” e “Assistência”.
Assim, em 2015, cria-se, através da Lei Complementar nº 1.262 de 06 de maio de 2015, uma nova autarquia, denominada Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Marília – HCFAMEMA, vinculada à Secretaria de Estado da Saúde (SES), com o intuito de atuar em conjunto e de forma coordenada com a Famema.
Considerando ainda a necessidade de uma Fundação para dar suporte a essa nova Autarquia, em 2017 a FAMAR torna-se também, Fundação de Apoio ao HCFAMEMA.
Em maio de 2018, o Governo do Estado de São Paulo aprovou o Estatuto do HCFAMEMA, o que possibilitou a autorização para abertura do concurso público e a de 84 nomeação de cargos em comissão, empossados nos anos de 2019 e 2020.